En la 15-a de januaro de 2004 fondighis en Pekino la Sekretariejo de la Shanhaja Kunlabora Organizo.

    Li Zhaoxing, ministro de la Ministerio de Eksteraj Aferoj de Chinio, kaj ministroj de la Ministerioj de Eksteraj Aferoj de Kazahhio, Kirgizio, Rusio, Taghikio kaj Uzbekio havis neregulan kunvenon kaj cheestis la inauguron de la sekretariejo. La inauguron cheestis ankau delegitoj de internaciaj organizoj.

    En majo de 2003 la shtatestroj de la membrolandoj de la organizo kunvenis en Moskvo kaj decidis fondi sekretariejon. La sekretariejo estas konstanta institucio de la organizo responda por doni organizan kaj teknikan garantion de agadoj de la organizo, partopreni en studo kaj praktikado de dokumentoj de diversaj institucioj de la organizo kaj elmeti proponojn por ellaboro de budgheto de la organizo.

    La ofico de ghenerala sekretario estas engaghita de la kunveno de shtatestroj, kaj ghin plenumos komisiitoj engaghitaj de la membrolandoj lauvice lau la rusa alfabeto. La oficperiodo dauros 3 jarojn sen renomumo. La nuna ghenerala sekretario estas Zhang Deguang de Chinio.