La 4-an de januaro, anstataŭante la eksan ĝeneralan direktoron d-ro Lee Jong-wook, kiu forpasis maje 2006, Margaret Chan enoficiĝis kiel ĝenerala direktoro de la Monda Sana Organizo.

Chan intervidiĝis kun laborantoj de la organizo post mallonga labortransdono kun Anders Nordstroem, aganta ĝenerala direktoro de la organizo. Ŝi diris, ke la organizo devas plibonigi la sanstaton de du homgrupoj, t.e. afrikanoj kaj virinoj. Ŝi diris ankaŭ, ke la organizo havos ses ĉefajn laborojn, nome disvolvado de higiena afero, sekureco de higieno, fortigo de san-sistema kapablo, plibonigo de informa interŝanĝo, intensigo de kunlaboro kaj altigo de laborefiko.

La 9-an de novembro 2006 Margaret Chan estis elektita kiel ĝenerala direktoro de la Monda Sana Organizo.